С ноября по декабрь санаторий находился на оккупированной территории и использовался фашистами под конюшни.
В конце ноября 1941 года передовые части немецких войск подошли к Солнечногорску. После кровопролитных боев соединений 16-й армии генерала Рокоссовского он был оставлен 22 ноября. За 18 дней оккупации враг разграбил санаторий. 8 декабря войска 20-й армии выбили противника из Красной Поляны и Белого Раста, где вела бои 28-я отдельная морская бригада. 10 декабря были освобождены от оккупации деревня Карпово и санаторий, а 12 декабря и город Солнечногорск. Летом 1942 года на территории санатория формировался механизированный корпус, который потом убыл на фронт.
В 1942 году земельный участок санатория был передан во временное пользование военному научно-исследовательскому институту по изобретению новых видов взрывателей.
Распоряжением Совета народных комиссаров СССР от 30 января 1944 года за № 1770/Р и приказа Народного комиссара ВМФ СССР Н.Г. Кузнецова от 10 февраля за № 56 санаторий введен в сеть санаторно-курортных учреждений ВМФ для организации в нём са-натория офицерского состава ВМФ.
Первым начальником санатория ВМФ был назначен полковник медицинской службы С.В.Щербина.
Началось возрождение Солнечногорского санатория в качестве санатория ВМФ.
Строились жилые дома, спальные корпуса, электростанция, котельная, различные подсобные здания и сооружения. Первоначально было развернуто 120 коек. К 1953 году коечная ёмкость увеличилась до 150, к 1968 году до 350 коек, а к 1972 году до 400 коек. В 1956 году санаторий был переда ВМУ, а в 1961 году возвращен ВМФ.
В период с 1962 по 1972 годы в санатории построены: спальный корпус на 210 мест, лечебный корпус, клуб, столовая, новая котельная, жилые многоквартирные дома. Новый мощный толчок в строительстве санатория относится к 1973 году, когда по личному указанию Главнокомандующего ВМФ адмирала Флота Советского Союза Сергея Георгиевича Горшкова интенсивно заканчивались начатые объекты и начато строительство новых. Это – лечебно-плавательный бассейн, новый лечебный корпус, новый спальный корпус на 300 мест, летний спортивный комплекс, лечебный пляж на озере, бювет минеральной воды, дет-ский пансионат, детсад-ясли, оранжерея, гараж и т.д.
С осени 1962 года по 1968 год одновременно строились трехэтажный кирпичный спальный корпус на 200 коек с примыкающими к нему клубом-столовой и лечебницей, ко-тельная. В 1968 году санаторий расширил коечную емкость и стал принимать на лечение и отдых 350 больных.
В 1971 году были приняты в эксплуатацию скважины морской воды для купания и лечебных процедур и питьевой минеральной воды.
В 1976 году были построены и начали функционировать пляжный комплекс на берегу озера и лечебный комплекс на 1000 посещений больных в день.
В декабре 1978 года был освоен новый спальный корпус на 303 койки – шестиэтажное здание с лоджиями и просторными холлами для досуга отдыхающих.
В 1979 году принят в эксплуатацию спортивный комплекс, куда входят здание с большим спортивным залом и залами лечебной физкультуры, а также все виды наружных спортивных и игровых площадок.
Основатель санатория профессор Щуровский Владимир Андреевич. В 1900 году он покупает у помещика Карпова 90 десятин земли, на которой разбивает парк с искусственным озером. Первоначально было построено 2 здания – кирпичное и деревянное. В трехэтажном кирпичном здании имелось 34 комнаты. В каждой комнате размещалось по одному пациенту. Санаторий предназначался для лечения лиц с переутомлением от умственного труда, заболеваниями нервной системы, внутренних органов и выздоравливающих после перенесенных инфекционных болезней. После 1919 года в бывшем санатории «Подсолнечное» организовали лечение больных с открытыми формами туберкулеза легких. Он являлся клиническим отделением Центрального туберкулезного научно-исследовательского института. В организации санатория активное участие принимал первый Нарком здравоохранения Н.А. Семашко. В последующем санаторию было присвоено наименование: «Туберкулезный санаторий имени Н.А. Семашко».
Санаторий является наследником первого санатория ВМФ им. Фрунзе, который был образован в 1938 году на берегу реки Угра в 12 км от г.Калуга. В санатории размещалось 150-180 больных. В период Великой Отечественной войны санаторий не функционировал. В сентябре 1941 года с началом ожесточенных сражений санаторий был расформирован, в октябре 1941 года эвакуирован в г.Киров, где на его базе был открыт дом отдыха «Пинюги».